همزمان با گسترش اعتراض‌ها در بدخشان، این پرسش به میان می‌آید که ساختار اداری در بدخشان چگونه است؟
بدخشانیان می‌گویند که در پست‌های مهم این ولایت بیشتر باشندگان ولایت‌های دیگر جابه‌جا هستند.
بر بنیاد اطلاعات، والی طالبان در بدخشان از قندهار، معاون والی از تخار، فرمانده پولیس از پروان و آمر امنیت طالبان برای این ولایت باشنده لغمان است.
شماری از بدخشانیان می‌گویند که به دلیل اختلاف‌های داخلی میان بدخشانیان و نبود اعتماد رهبر طالبان، بیشتر مقام‌ها در این ولایت باشندگان ولایت‌های دیگر هستند.
پس از آن که اعتراض‌ها در بدخشان شدت گرفتند، این پرسش ذهن همه را مشغول ساخته است که ساختار اداری در بدخشان چگونه است؟
بدخشان از ولایت‌هایی است که جمعیت آن بیش از یک میلیون تن تخمین زده شده است-کسانی که بیشتر از قوم تاجیک و ازبیک هستند.
اما در رده‌های بلند این ولایت کسانی جا به‌جا شده‌اند که باشنده اصلی بدخشان نیستند.
محمد ایوب خالد، والی طالبان در بدخشان است. او از باشندگان اصلی قندهار و از چهره‌های نزدیک به رهبر طالبان گفته شده است. برخی از منابع می‌گویند که آقای خالد در گذشته با ملا دادالله نیز رابطه خوبی داشته است.
آقای خالد در ۲۲ سنبله ۱۴۰۲ به حیث والی این ولایت معرفی شد. او پیش از این به حیث والی کنر و فرمانده ارتش طالبان در شرق کشور بود. آقای ایوب به قوم پشتون است.
امین الله طیب، معاون والی طالبان در بدخشان است. او از باشندگان اصلی ولسوالی خواجه غار ولایت تخار و از فرماندهان نظامی ازبیک‌تبار طالبان است. آقای طیب در ۱۶ جدی سال ۱۴۰۲ به حیث معاون والی این ولایت معرفی شد. او پیش از این فرمانده لوای سرحدی تخار و معاون قول اردوی ۳۱۳ مرکزی طالبان بود. امین‌الله طیب به قوم اوزبیک است.
عزیزالله عمری، فرمانده پولیس طالبان در بدخشان است. او که پشه‌یی است، از باشندگان اصلی دره‌ی غوربند ولایت پروان است. آقای عمری در ۱۶ جدی سال ۱۴۰۲ به حیث فرمانده پولیس این ولایت معرفی شد.
گفته می‌شود که آمر امنیت طالبان در بدخشان از باشندگان لغمان است.
محمد نظیف شهرانی، استاد دانشگاه در امریکا درباره تعیینات مقام‌های طالبان چنین نظر دارد: «حکومت یک حکومت قومی است. یک حکومت قشری است. از او لحاظ اعتماد بالای طالبان، حتی طالبان بدخشان هم نداشتند؛ آنها را بر طرف کردند و در عوض‌شان کسانی را که بالای‌شان اعتماد دارند که زیادتر شان قندهاری‌ها و هلمندی‌ها است، برای از آنها موافق عمده حکومتی را داده اند.»
شماری از بدخشانیان می‌گویند که به دلیل اختلاف‌های داخلی میان بدخشانیان و نبود اعتماد رهبر طالبان، بیشتر مقام‌ها در این ولایت باشندگان ولایت‌های دیگر هستند.
پیش از این نیز طالبان از کنار زدن قوم‌های دیگر در سطح رهبری، انتقاد شده‌اند.
بدخشان که در شمال شرق کشور موقعیت دارد با تاجیکستان، پاکستان و چین مرز دارد.
افزون بر آن این ولایت از جنوب با پنجشیر و کاپیسا و از غرب با تخار نیز هم مرز است.
